施琅治军严整，“深知水性”和“海中风候”。上任伊始，决定以平海为基地，调各地水师到平海集结，备战训练官兵，待机进军。康熙二十一年冬(1682)，施琅率领水师3万多人，浩浩荡荡，“驻集平海之澳，俟长风破巨浪。以靖扫鲛窟”。施军在平海，边训练官兵，边制订攻台计划，筹集粮船，等待季风。
     当时的平海经顺治十七年开始截界折腾。世代居住地此的居民被迫内迁，房屋、树林也都遭毁坏，水并被填，当地仅存城隍庙、天妃宫等几处宫庙，满目荒凉。时遇干旱，3万大军驻扎乎海，饮水成了最大的难题。正如施琅所说:“爰际天时赐亢，泉流殚竭，军中取得之道，遥遥难致”。旅琅为了振奋士气，完成战备任务，边祈求天纪保佑，边发动将士疏浚枯井。得妈相托梦在疏浚天纪宫前右侧一口废井出现奇迹，泉涌如注。将土们高兴极了，争相品尝，井水甘甜，沁人心脾。于是，官兵们认为他们是正义之师，受到妈祖保佑，一时之间士气大振。施琅也兴奋不已，率将士们全身心投入海上作战训练。“涌泉济师”的故事在将士中飞快地传播开。
     不久，施琅移师铜山(东山岛)，继续备战、操练。康熙二十二年6月施琅率军从铜山出发，莆田人总兵吴瑛和朱天贵所部为该军主力。施军在澎湖与郑军主力刘国轩部决战，经七昼夜激战，打败郑军主力，控制澎湖列岛，郑氏政权投降，祖国统一。施琅和将士立下赫赫功勋。施琅攻占台湾后，为了纪念妈祖助战之功，改王府为妈祖庙，并在台南仿平海天后宫改建，后称台南大天后宫，供奉妈祖。施琅统一台湾后因攻台有功被封为靖海候。