三官殿供奉着被称为三皇五帝中的三皇、华夏文明的开拓者，尧、舜、禹三位先圣。尧、舜均在山西出身，在上古时，他们的主要活动地点在中原一带。禹治水13年，治理了长江、淮河、黄河、治水，足迹遍布九州大地，最后死在的绍兴。所以中原地区，南至江浙，西至川陕，三皇的足迹和纪念建筑较常见。而当时做为南蛮之地的福建，没有得到开发，三皇足迹未至，江浙以南，对尧、舜、禹三皇的祈拜则较为罕见。从三官殿来年，平海宗教崇拜之风盛，民间信仰之博杂可见一斑。
三官殿始建于宋咸平三年，原名三官堂。距今1000多年。明代多次修缮。清代改名三官殿。传说殿名为康熙皇帝手书的。清代又再次重修。“文化大革命“中夷为平地。1980年后，重建三官殿。庙宇为封闭式院落，主殿小巧玲珑，充满乡土气息。殿里正中五彩描金的神龛上端坐着尧、舜、禹三座金身。案前一金色香炉，香火长盛不衰。
司马迁在《史记》中对尧称赞：“尧帝其仁如天，其智如神，就之如日，望之如云。”在人生七十古来稀的上古原始社会，当年帝尧之世的康庄的村子里有80岁的老人“击壤”而耍，一片太平盛世之象，使“康庄大道”成为多年来理想社会的代名词。而舜之时“《萧韶》九成，凤凰来仪”，因其贤德，严于律己，处处以身作则，团结周围群众。“一年而所居成聚，二年成邑，三年成都。”又再次体现了中华文化的高度文明。至于禹的大公无私和忘我精神千百年来一直为人们所传诵，“大禹治水，三过家门而不入”已经是脍炙人口的典故了。三官殿的重修重建，蕴涵着博古的平海人对高度理想化的文明世道的追寻，从这个角度来理解，不是有着意味深远的现实意义了。
三官殿还留传颇多的传奇故事，譬如：
明嘉靖年间，抗倭英雄戚继光二度入闽抗倭。其在兴化府的主要战场在平海展开。据说，戚继光驻兵平海，三官堂为元帅帐，在这里笄了许厝战役，后来一举歼灭顽倭2千从人。还烧毁企图从海上逃跑的倭船，使残余倭寇葬身大海，闻风丧胆。从此，平海长期恢复平静，百姓重新安定的生活。
还传说：施琅将军到平海后，也将中军帐设在三官殿。施琅完成军事训练计划后，移师东山岛等待风讯，正式出师攻台，三官殿留下了施琅的足。